بوراف :: grep perl extension برا جستجو در دنباله ها DNA و روتئن
انون بارر ن

بوراف :: grep رتبه بند و خلاصه

بوراف :: grep برسب ها

ماول رل رل روتئين DNA جستجو توال DNA توال روتئن جستجو

بوراف :: grep شرح

فرمت رل برا جستجو در دنباله ها DNA و روتئن BIO :: GREP فرمت PERL برا جستجو در دنباله ها DNA و روتئن است. Synopsis استفاده از Bio :: Grep؛ $ sbe = bio :: grep-> new ('vmatch')؛ # تعرف محل آراه ها سوند $ sbe-> تنظمات-> Datapath ('داده ها')؛ mkdir ($ sbe-> تنظمات-> datapath)؛ # در حال حاضر آراه سوند تولد م ند. شما باد ان ار را فقط بار انجام دهد. $ sbe-> generate_database ({file => 'ath1.cdna'، توضحات => 'agi transcripts'،})؛ # جستجو در ان آراه سوند $ sbe-> تنظمات-> ااه داده ('ath1.cdna')؛ # جستجو برا ممل معوس و اجازه 2 dismatches $ sbe-> تنظمات-> رس و جو ('ugaacagaaag')؛ $ sbe-> تنظمات-> Reverse_Complement (1)؛ $ sbe-> تنظمات-> عدم هماهن (2)؛ # ا شما م تواند فال FASTA را با Queries # $ sbe-> تنظمات-> query_file ('oligos.fasta') استفاده ند. # $ sbe-> جستجو ()؛ # به جا آن، شما م تواند تنظمات را در تماس جستجو مشخص ند. # ان نز همه ز را به جز مسرها و ااه داده بازنشان م ند (زرا احتمال دارد ه آنها تغر زمان ه جستجو # ند بار نامده م شود) $ sbe-> جستجو ({query => 'agagccct'، reverse_complement => 1، nummatches => 1،})؛ my ids؛ # خروج برخ از اطلاعات! در حال ه ($ res = $ sbe-> next_res) {print $ res-> دنباله-> ID. " "؛ ا $ res-> alignment_string ()." "؛ PushIDS، $ res-> sealch_id؛} # توال ن از تمام مسابقات را به عنوان BIO :: SEQIO OBJECT درافت ند. # (برا تولد فال FASTA به عنوان مثال) $ seqio = $ sbe-> get_ureans (ids ) Bio-Grep مجموعه ا از ماول ها Perl برا جستجو در دنباله ها DNA و روتئن است. ان شتبان از شت ها مختلف، از همه موارد ( به عنوان مثال ل نوم، روتئن و داده ها RNA). BIO :: GREP API معمول را به ابزارها محبوب ترن ارائه م دهد. به ان ترتب، شما به راحت م تواند ابزارها را تغر دهد ا ترب ند. مورد ناز: رل

بوراف :: grep نرم افزارها مرتبط