جانور دانلود راان ، دانلود جانور در دانلود نرم افزار

برنامه متقابل لت فرم برا تجزه و تحلل MCMC Bayesian از توال ها مولول Beast (درختان نمونه بردار تامل بز) برنامه منبع آزاد و آزاد برا استنتاج تامل از توال ها مولول است. BEast برنامه متقابل لت فرم برا تجزه و تحلل MCMC Bayesian از توال ها مولول است. جانور به طور امل به سمت رشه ها رشه، اندازه ر شده با استفاده از مدل ها ساعت مولول دقق ا آرام هدات م شود. BEAST را م توان به عنوان روش بازساز فلون استفاده رد، اما همنن اروب برا تست فرضه ها تامل بدون تهوه بر رو توولو ت درخت است. جانور از MCMC به طور متوسط بش از فضا درخت استفاده م ند، به طور ه هر درخت با توجه به احتمال خلف آن متناسب است. در انجا برخ از و ها لد "جانور" وجود دارد: مدل ها ساعت مولول ثابت ثابت. ان مدل ش فرض است. درخت را م توان با مشخص ردن نرخ جهش البراسون رد. مدل ها ساعت مولول نرخ متغر (آرام). اده ساز مدل ها ساعتها آرام آرامش افته Drummond، Ho، Phillips و Rambaut (2006، Biology Plos) را برا ارجاع امل مشاهده ند. برآورد تارخ وارا. تارخ وارا برا جددترن اجداد مشتر جدد (MRCA) م تواند تخمن زده شود. توال غر همزمان (! TipDate) مدل ها مولول مولول. هنام ه تفاوت در تارخ ها مرتبط با توال ها، بخش مهم از سن ل درخت را تشل م دهد، ان تارخ ها را م توان به مدل ارائه م دهد ه منبع اطلاعات در مورد مزان جازن را فراهم م ند. ناهمون مدل جازن در سات ها. مدل ها جازن مختلف را م توان برا مجموعه ها مختلف سات ها مشخص رد. به عنوان مثال، هر موقعت دون را م توان به ماترس جازن در و مدل اما از ناهمون نرخ اسخ داد. مشخصات مدل انعطاف ذر فرمت فال مشخصات مدل اجازه م دهد انعطاف ذر قابل توجه. به عنوان مثال، ممن است مشخص شود ه هر موقعت دون دارا نرخ متفاوت است، درجه متفاوت از ناهمون نرخ، بله نسبت انتقال / انتقال مشابه. طف وسع از مدل ها جازن Beast (درختان نمونه بردار تامل بز) برنامه منبع آزاد و باز برا استنتاج تامل از توال ها مولول است. انتخاب انعطاف ذر از Priors در ارامترها. هر ارامتر م تواند قبل از آن داده شود. به عنوان مثال، سن رشه درخت را م توان ش از معوس با معن داده شده داده رد. مدل ها زاوه ا از اندازه جمعت و رشد. مدل ها مختلف رشد جمعت همبست م تواند مورد استفاده قرار رد. در حال حاضر، اندازه ثابت و رشد نماش در دسترس است، اما بشتر به زود اضافه خواهد شد. ان مدل ها اساسا به عنوان Priors در سنن ره در درخت عمل م نند، اما ارامترها (اندازه جمعت و نرخ رشد) م توانند نمونه بردار و تخمن زده شوند. مدل ها ندانه ها ندانه. دو ن Unlinked را م توان به همان مدل جمعت همبست داده شد، بله فرآند جازن متفاوت و درخت است ه به تولد وانتوم ندانه متصل م شود. مدل ها ساعت مولول ساعت محل. اجازه دادن به د ها مختلف در درخت برا داشتن نرخ ها مختلف (ا در واقع، فراندها جازن املا متفاوت). ه جدد در ان نسخه: و ها جدد: نسخه ها GUI از جانور نماش جعبه محاوره ا برا تنظم زنه ها مختلف ه در غر ان صورت تنها توسط خط فرمان در دسترس است. رفع اشال: شماره 55: MCMC صفحه نماش ورود به سستم در حال حاضر ار نم ند. شماره 70: زبا و ارتشن به موقعت ها دون شماره 72: Beauti باد ارامترها مدل GTR محدود شود شماره 122: Ctrl-A در Beauti -> Exception شماره 127: انل قبل، شن بالا و ان نشان نم دهد ب نهات شماره 128: Beauti: درخت قبل از رشد لجست در دسترس نست برا تنظم شماره 146: Beauti: مدل Covarion بانر شماره 169: وراش نام فال ساقه در Beauti باعث قرار دادن درج م شود نقطه به رش به اان شماره 173: Beauti: به طور جزئ به استثنا لن شماره 181: Beauti: ناز به افزاش به رفتار ش فرض در هنام اضافه ردن تراز اضاف س از unlinking همه شماره 193: تشخص همرا بهبود افته: محاسبه اندازه موثر تربات ترب با ترب نمونه ها مسئله 194: Beauti: استثناء تنظم قبل از تغر ارزش شماره 199: رداب تنها اولن ورود فال ورود به سستم را نشان م دهد مقالات همان نام دارند شماره 201: وراش نام فال ساقه در انل MCMC باعث م شود نقطه درج برا رش به اان شماره 202: ساخت اسرت ها تولد لاس ها JDK 1.6 بنابران توزع نتواند در ماشن آلات با JDK 1.5 شماره 203: اشال Launch4J بر رو لن nucleotidelikelihorhore.dll شماره 204: Beauti: درخت قبل ثابت اندازه ثابت برا البراسون ره ار نم ند شماره 205: اطلاعات علامت در نسول با استفاده از وندوز نادد شد ارامتر برا اجرا جانور شماره 209: دوز اتون امال نم شود شماره 211: Beauti: مدل آمنو اسد XML اشتباه است شماره 212: Beast Linux نسخه: ناز به Chmod 755 * شماره 215: تخصص حافظه ش فرض برا بسته بند م خل و است شماره 216: تخصص حافظه ش فرض برا بسته بند لنوس خل و است شماره 217: مشلات با بسته بند Mac OS X شماره 218: Dialog زنه ها BeastMain به خطا "ارزش ورود غر قانون باد بن 1 تا 21474863647 باشد شماره 220: اسرت وسته برا راه انداز جانور در خط فرمان نم تواند مقابله ند با فضاها در مسر. شماره 221: وزن اراتورها مدل جازن در Beauti شماره 222: نامذار "TrieLikelihood" زمان ه تنها 1 ارتشن شماره 223: نام فال "اراتور تجزه و تحلل" را به عنوان و در عنصر MCMC شماره 225: TreepartitionCoalescent موجود نست شماره 226: تجزه ننده ها در release_parersers.Properties باد به روز شود شماره 227: تعمر BeastDoc برا تولد ت DOC برا اربران حوانات شماره 229: در از شست اروب تست شماره 231: شروع اندازه ر عملرد تا بعد از ارزاب امل شماره 232: Mac (Windows؟) نسخه Beast Console را در خطا بسته است شماره 234: اشتباه "اوله خلف صفر" م خطا است دوستانه تر به اشال زدا شماره 236: dr.evomodel.operators.traitgibbsoperator با شده است تجزه ننده ها در هر دو release_parser.properties ا beastparser.java مسئله 237: Beauti: Taxon مجموعه ا از ارتشن ند درخت را اداره نم ند شماره 238: نامذار 'الوها' تنها 1 ارتشن شماره 240: Beauti: Useambiguities از treelikelihood باد ش فرض باشد به عنوان TRUE برا COVARION BIRT شماره 242: Beauti: جعبه را برا انتخاب useambiguities در به صورت خودار برا داده ها بانر شماره 244: فور: ش فرض ش فرض شماره 247: Beauti: XML اشتباه در ملاحظات انتخاب بانر تجرب مدل Covarion شماره 248: Beauti Exception (* Beast) هنام اتصال برخ از تاس ها مشابه برا مدل درخت با استفاده از تاس ها مختلف در ل شماره 250: Beauti: بلو ها تراز اشتباه برا ند ن در هنام انتخاب "اجاد هماهن خال" شماره 253: Beauti اضافه ردن جعبه ا آ برا بررس ش فرض priors زمان ه رو تولد فال حوانات خان ل ند شماره 254: Beauti تولد دمه XML باد س از تمام داده ها غر فعال شود ارتشن حذف شده است شماره 255: هشدارها Parser را به طور ش فرض برا نسخه منتشر شده خاموش ند شماره 256: Beauti: اضافه ردن نظر در XML "SkyRide.LogPopsize واحد ورود به سستم است بر خلاف در popsize " شماره 257: Beauti: داده ها بانر و ارتشن ها ندانه تولد نم ند sitemodel به درست شماره 259: Beauti: Mac OS MCMC PLORE مشل شماره 260: Beauti: درست انلس شماره 261: عنصر تجزه خطا با ID null شماره 262: XML اشتباه Testcataclysmcoalescent.xml شماره 264: ImportException: شماره فرمت شماره برا

جانور نرم افزارها مرتبط