masschroq

نرم افزار Quantification روماتوراف توده
انون بارر ن

masschroq رتبه بند و خلاصه

تبلغات

  • Rating:
  • مجوز:
  • GPL
  • نام ناشر:
  • MassChroQ Team
  • سستم ها عامل:
  • Windows All
  • حجم فال:
  • 42.2 MB

masschroq برسب ها


masschroq شرح

MasschroQ ابزار تخصص و متنوع است ه مقدار زاد را بر رو داده ها به دست آمده از تن ها استرومتر روماتوراف ماع (LC-MS) انجام م دهد. MasschroQ همنن م تواند برا انجام تراز، استخراج XIC و تشخص استفاده شود. علاوه بر ان، MasschroQ م تواند مورد استفاده قرار رد: تجزه و تحلل داده ها به دست آمده از هر دو سستم طف سنج با وضوح بالا و ان؛ تجزه و تحلل داده ها بدون برسب و همنن داده ها برسب دار ازوتو (E.G. Silac، ICAT، N-15، C-13، و غره)؛ به طور موثر به طور موثر نمونه ها زاد از نمونه ها مختلف تجزه و تحلل شده در شات (با روه بند نمونه ها مشابه و ارائه امان ارامترها تجزه و تحلل هر روه). قبل از تجزه و تحلل LC-MS (SCX، SDS-PAGE و غره)، درمان ها ده داده ها را به عنوان تد ا روتئن تقسم بند ند. و ها اصل: تجزه فرمت ها MZXML و MZML LC / MS اندازه ر تمام تد ها شناسا شده از نمونه ها و / ا لست داده شده از مقادر جرم بش از حد (M / Z) و / ا لست داده شده از جفت مقادر (M / Z، زمان نهدار). تدها شناسا شده م توانند به صورت خودار به تجزه و تحلل Masschroq با استفاده از X! Tandem Pipeline (ه شناسا و صادرات نتاج را در فرمت Masschroqml) و ا از طرق TSV (مقادر جدا شده TAB) حاو نتاج شناسا به دست آمده از سار نرم افزار شناسا ادغام شده است . دو روش تطبق در دسترس هستند: تراز OBI-Warp شخص ثالث بر اساس داده ها MS Level 1 در Masschroq اره شده است و هماهن MS2 در خانه بر اساس اطلاعات MS سطح 2 توسعه افته است. اندازه ر در MasschroQ بر رو Xics انجام م شود (روماتوراف ها ون استخراج شده): س از استخراج و فلتر ردن XIC، ها بر رو آنها شناسا م شوند با استفاده از Morphological Transforms (به دفتره راهنما اربر مراجعه ند). مناطق (I.E. مقدار م اندازه ر) و مرزها س از آن محاسبه م شود. تطبق انجام م شود (س از هماهن در صورت وجود) به شرح زر است: تشخص داده شده به تد شناسا اختصاص داده شده است ار و تنها ار زمان (تراز ردن) زمان نهدار ان تد در مرزها قرار رفته است. تطبق در MasschroQ را م توان در دو مرحله انجام داد: اولن بار در طول اندازه ر، و هنام ه اندازه ر به اان رسد، اربر م تواند مرحله دوم، بهبود تطبق، با توجه به زمان نهدار از قله ها قبلا هماهن شده است. فلترها XIC مختلف در دسترس هستند: حرت فلترها متوسط / متوسط برا صاف ردن سنال، س زمنه و فلتر حذف سر و صدا، فلتر ضد اسا، فلتر ضد اسا برا حذف سنبله ها ناش از برخ از طف سنج ها با وضوح بالا، فلترها مورفولو، و غره. اربر م تواند نتاج را در فرمت ها TSV، Gnumeric، XHTML و MasschroQML صادرات ند. آنها آماده استفاده خودار در نرم افزار آمار (مانند R) ا برا اتشاف دست / بصر هستند. ارزاب MasschroQ بر رو داده ها امل برسب ها ده به دست آمده از طف سنج ها م و با وضوح بالا، اندازه ر CV ها م برا قابلت تثر فن (1.4) و ضراب بالا همبست با مقدار روتئن (0.98) بود


masschroq نرم افزارها مرتبط

درباره ما